У лабораторії харчової мікробіології проводяться мікробіологічні дослідження харчової продукції та продовольчої сировини за гігієнічними показниками безпеки, які включають визначення основних груп мікроорганізмів:

• санітарно-показових (кількість мезофільних аеробних та факультативно-анаеробних мікроорганізмів, бактерії групи кишкових паличок, бактерії родини Enterobacteriaceae, ентерококи);
• умовно-патогенних (E.coli, S.aureus, бактерії р.Proteus, B.cereus, Vibrio parahaemolyticus);
• патогенних, у т.ч. бактерії родини Salmonella, Listeria monocytogenes;
• мікроорганізмів псування (дріжджі, плісеневі гриби, молочнокислі бактерії);
• мікроорганізмів заквасочної мікрофлори та пробіотичних мікроорганізмів.

   У лабораторії проводиться санітарно-епідеміологічна експертиза харчових продуктів, продовольчої сировини, нормативної документації, за результатами якої оформляються відповідні документи. Впродовж багатьох років у співробітництві з лабораторією хімії та експертизи харчових продуктів проводяться науково-дослідні роботи з метою визначення строків та умов зберігання, за результатами яких видаються висновки санітарно-епідеміологічної експертизи. Крім того, в лабораторії здійснюється перевірка молока та молокопродуктів на наявність залишкових кількостей антибіотиків за методикою “Дельвотест”. Співробітники лабораторії беруть активну участь у розробці нормативної документації. Так, тільки у 2004 р. у співавторстві були підготовлені: МР 4.4.4.-108-2004 р. „Періодичність контролю продовольчої сировини та харчових продуктів за показниками безпеки”, І-158.00389676.001 „Інструкція щодо попередження картопляної хвороби хліба”, МВ „Визначення кількості біфідобактерій у кисломолочних продуктах”, розділ СанПіНів „Риба, продукти нерибного промислу та продукти, що виробляються з них”. Про високий професійний рівень співробітників свідчать результати участі в експериментальних раундах професійного тестування та порівняльних міжлабораторних дослідженнях.